3.Bicampeón de la Liga MX

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Tras un exitoso paso por Europa, Márquez aún tenía una cuenta pendiente en su palmarés, triunfar en la liga local, ya que tras su paso fugaz en el Atlas, estuvo cerca de consagrarse Campeón pero se quedó en la antesala. Su regreso a la Liga MX pintaba, a todas leguas, como la decadencia de su carrera, en especial, después de varias temporadas a un nivel pobre en la MLS, sin embargo, Rafa fiel a su costumbre, se convirtió en el equilibrio que el equipo de Gustavo Matosas necesitaba para crear una máquina futbolística digna de recordar, a tal grado que Márquez levantó junto con «la fiera» levantó dos trofeos de la Liga MX, enmarcando con creces la carrera de este histórico futbolista y dejando la institución por la puerta grande para volver a probar suerte en Europa.